我国的高新技术企业认定工作是从上世纪90年代初开始的，当时，为了建立我国的高新技术产业，促进高新技术企业快速发展，国务院于1991年发布《国家高新技术产业开发区高新技术企业认定条件和办法（国发【1991】12号）》，授权原国家科委组织开展国家高新技术产业开发区内高新技术企业认定工作，并配套制定了财政、税收、金融、贸易等 一系列优惠政策。

1996年将高新技术企业认定范围扩展到国家高新区外（国科发火字【1996】018号）。1999年根据 新的形势要求，再次修订了国家高新区内高新技术企业认定标准（国科发火字【2000】324号）。